1、有毒有害氣體：利用大棚進行蔬菜種植過程中，會有氮氣、亞硝酸氣體和二氧化碳等有毒有害氣體產生，需要對這些有毒有害氣體有充分的認識，以便于采取必要的調節和預防措施。但在當前大棚蔬菜種植過程中，由于對有毒有害氣體認識不足，從而導致調節和預防措施不到位。大棚中氮氣的產生多是由于尿素使用過多及施肥不當所產生的，氮氣會對蔬菜帶來一定的腐蝕性，導致蔬菜根部或是葉片出現斑點和潰爛。當氨態氮肥使用過度時，會導致亞硝酸氣體產生，從而導致土壤呈酸性，蔬菜容易出現斑點或是整株變白枯死。冬季較為寒冷，大棚內需要采取必要的保溫措施，在利用燃料升溫過程中會產生二氧化碳，如果不能及時進行通風換氣，會導致蔬菜的產量受到一定的影響。
2、低溫、凍害：蔬菜只有在一定溫度下才能健康生長，利用大棚進行蔬菜種植就是給蔬菜提供了一個適宜生長的溫度環境。但由于冬季較為寒冷，所以需要在大棚內采取必要的保溫措施，避免低溫凍害的發生。目前冬季大棚進行蔬菜種植時，保溫措施還不全面，低溫、凍害時有發生，嚴重影響了蔬菜的正常生長。
3、大棚內除濕措施不到位：大棚屬于封閉性場所，易導致濕氣聚集，需要在蔬菜生長過程中對大棚內的濕度進行嚴密監測，做好定期除濕工作，確保大棚內保持適宜的濕度。但當前許多種植者對大棚濕度控制存在不當之處，也不能有效地保證定期對大棚進行除濕，從而導致大棚內濕度較大，使蔬菜的正常生長受到一定的影響。